南京空军机关医院院拥有一系列国际先进的耳鼻咽喉科疾病诊断仪、治疗仪。在诊疗技术和设备上在全军耳鼻咽喉医学领域的前沿。如，美国DNR等离子技术、德国蔡司手术显微镜、CZT8F声频共振、德国STORS内窥镜系统、丹麦Madsen听力系统、睡眠呼吸记录监测系统、美国的美敦力耳鼻咽喉豪华治疗台等一篇国际前沿高新尖诊疗设备。